Сам задавался подобным вопросом и может предлагаемое мной решение и не совпадает с оригинальным вопросом, но предлагает альтернативу.
Если это web приложение собирается запускаться с флешки, то почему нельзя поступить как DokuWiki. Она распространяется с локальным демоном Apache, который запускается с флешки и позволяет использовать php. Данные как и в DokuWiki можно хранить в виде файлов. Во фронте можно использовать что угодно.
