Привет,
Я надеюсь, что отвечу правильно, сам это только что нашел и без понятия - может, это работает.
В Atom заходишь в File - Settings - Packages. Затем листаешь вниз и видишь autocomplet'эр от самого Atom и деинсталлируешь его.
P.S.
Я только сейчас заметил, что вопрос был задан год назад))) Я просто рыскал по интернету и, собственно, случайно его нашел :)
