Я работаю с MongoDB на протяжении уже 4х лет. Имеется ряд проектов, созданных как с использованием этой БД, так и использованием классических RDBMS.
MongoDB это не MySQL и не PostgreSQL. Большинство людей пытается сравнить оба типа баз данных, но это абсолютно глупо и неприемлемо. Это все равно что сравнивать врачей и инженеров.
MongoDB подойдет там, где нужна гибкость структуры и большие объемы данных. Например хранение истории болезни пациентов в масштабе страны. Каждая карточка может быть разного типа со множеством полей. И их могут быть триллионы. Для классических реляционных БД это выливается в весьма нетривиальную задачу горизонтального масштабирования, которая в MySQL решается через перенастройку сервера, а в PostgreSQL через специальную промежуточную таблицу. Горизонтальный рост и ввод новых узлов кластера сопряжен с большими трудностями и плохо автоматизируется для реляционных БД.
Еще классические БД очень плохо работают со смешанной нагрузкой, когда у вас запись/чтение примерно 1:1 и данных очень много. Это вызывает непрерывное перестроение индексов и их использование больше мешает. Это тот тип нагрузки, при которой InnoDB частенько повреждается без возможности восстановления или что вызывает значительный простой на реорганизацию структур данных.
Также существует очень много задач, для которых использование MongoDB исключительно неприемлемо. Если вам необходимо работать с нормализованными данными - используйте реляционные БД. Если нужна мощная аналитика - колоночные. Разумеется, каждая из этих опций имеет свою цену.
На рынке нет универсального решения. Каждое заточено под свои задачи.
