Как исправить ошибку при запуске Spring на боевой машине?

Возможно вот этот ответ поможет
stackoverflow.com/questions/22684807/spring-boot-j...

Что почитать по Gradle на русском языке?

it-simulator.com/#/article/145/146
spring-projects.ru/guides/gradle

Как подправить скомпилированный scala файл?

Подойдёт любой инструмент для редактирование bytecode
set.ee/jbe
rejava.sourceforge.net