Все эти данные есть в таблице lead_phones, я вообще не понимаю зачем тут join
upd короче я так понял что ты гланды через попу удаляешь, вот это будет нормально работать если есть индекс на ph.lead_id
SELECT *
FROM lead_phones as ph
LEFT JOIN leads as ld ON ph.lead_id = ld.lead_id
GROUP BY ph.lead_id
LIMIT 40