В Битрикс есть галка "Разрешить подписку при отсутствии товара" - клиент получит уведомление на почту, когда товар будет в наличии. Или галка "Разрешить покупку при отсутствии товара" - клиент сможет положить в корзину отсутствующий физически на складе товар, а продавец уже сам будет решать как его продать клиенту.
Отгрузка заказов возможна с разбивкой на несколько доставок/отгрузок.