strelmax

Можно. Добавьте в cron
заменить на готовый файл:
cat your_php.ini > client_php.ini
или если версия file-utils > 4.1
cp --reply=yes your_php.ini > client_php.ini
Ну а для редактирования пользуйтесь утилитами обработки текста(awk sed)