Я ппц как не понимаю первый вариант. В моей голове вообще никак не может уложиться, зачем стараться что-то делать для репозитория. Ему плевать, как там ваша история выглядит. Если нужно что-то поискать, поиск будет по названиям коммитов, и чем атомарнее, тем проще откатить. Чем атомарнее, тем проще делать слияния. Чем чаще коммиты, тем проще коллегам видеть, как идёт процесс. Какие ещё могут быть аргументы? При первом подходе как вообще вы можете переместиться из офиса домой с целью доделать работу дома?