Вы не правильно подходите к решению проблемы. Обычно делают так:
1. Имеют глобальный файл настроек, в котором прописаны основные настройки. Этот файл попадает в репозиторий.
2. Имеют локальный файл настроек, который содержит пароли/логины и некоторые специфичные локальные настройки. Этот файл совмещается с глобальным. Он не попадает в репозиторий.
В PHP-framework'ах к примеру, это два файла с массивами настроек. При запуске приложения массивы соединяются и приложению кормится смешанный массив настроек.
