stanmb

Попробуйте явно указать кодировку при открытии файла

BufferedReader in = new BufferedReader(
  new InputStreamReader(
    new FileInputStream(fileReadOut),
    "UTF8"
  )
);

Через Idea это все работает потому что она при запуске заботливо прописывает в classpath путь до нужных библиотек. Все эти библиотеки у вас, очевидно, скачиваются автоматически и присутствуют в локальном кеше (папка ~/.m2).
Нужно либо собрать "fat jar" он же jar-with-dependecies,
либо таскать с собой все нужные либы и прописывать их в classpath при запуске.