Одно и другое - суть совершенно разные вещи.
Cloud9 - это так называемая IDE, интегрированная среда разработки, позволяющая писать код, и она позволяет, в том числе, как и практически любая другая продвинутая в плане функционала IDE, отправлять этот код в тот или иной репозиторий, будь он размещен хоть на GitHub, хоть где угодно еще.
GitHub, равно как и BitBucket, который кстати тоже поддерживается Cloud9, равно как и любой другой подобный сервис, не предоставляют возможностей для написания кода, подобных тем, что предоставляют обычно IDE.
Соответственно, ничто не мешает вашим программистам использовать оба этих решения, более того, определиться наверняка нужно только с одним - с местом, где будет храниться ваш код, то есть с сервером репозиториев, это может быть как GitHub, так и локальный сервер, так и любой другой, а вот определяться с тем, кто и где будет писать код, каждый программист может сам - кто-то пускай пишет код в Cloud9, кто-то - в PhpStorm, кто-то - в Notepad++, кто-то - вообще в vim, если захочет, главное, что из всех этих IDE (если по-простому, то из всех этих редакторов кода) код будет попадать в одно место, где будет можно просмотреть кто, что и когда писал, и что из этого стоит пустить на рабочий сервер, а что пока что потестировать, и тд и тп.
