Разные разработчики имеют тот или иной опыт работы и тот или иной стаж. Соответственно, если сейчас вам уже проще использовать Gulp, да и сами разработчики Bower уже не рекомендуют его использовать для установки пакетов, то вы используете Gulp. Но кто-то начинал ранее, или же просто первым делом столкнулся с Bower, и стал использовать изначально его.
Практического смысла в данный момент использовать именно его нет, раньше это имело смысл, когда Bower рекомендовали использовать для пакетов для фронта, а npm (не важно как, через Gulp или впрямую), использовать для бекенда - связано это было с тем, что первый не тянул зависимости для каждого пакета в свою личную папку, они устанавливались в общую, и таким образом папки с пакетами для фронта были более чистыми, а зависимые пакеты - общими.
Но при этом использовать везде Gulp для управления пакетами тоже нет смысла, так как для простых проектов это плюс один инструмент, который не факт, что нужен. Кому-то будет проще использовать чистый package.json и просто указать в инструкции своего проекта, что нужно запустить установку пакетов из него.
