Вероятно запущенные процессы удерживают открытыми дескрипторы уже удалённых файлов, что не позволяет освободить занятое место ФС.
Список дескрипторов и процессов можно получить например так:
sudo lsof -a +L1
Пример строки от меня:
COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE SIZE/OFF NLINK NODE NAME
php 17455 melkij 4r REG 254,1 1048576000 0 2624572 /home/melkij/tmpfile (deleted)
php процесс с pid 17455 удерживает deleted дескриптор файла размером в 1гб.
Далее адресно разбираться с процессами.
