В итоге сам решил задачу
<?php $i = 0;
while (have_posts()) : the_post(); ?>
<?php if ($i === 0) {
echo '<div class="box">';
} ?>
// Здесь другая логика
<?php
if ($i === 3) {
echo '</div>';
}
$i++;
endwhile; ?>
<?php if ($i <= 3) {
echo '</div>';
} ?>