Можно собирать нативное приложение используя node-webkit. Он поддерживает Windows, MacOS, Ubuntu, возможно и другие версии linux. Смысл в том, что в готовый exe (для windows, например) в конец файла добавляется архив с node приложением, собранный определенным образом.

Больше инфы тут:
https://github.com/rogerwang/node-webkit