В notepade++ нажимаете кнопку замена.. выбираете вкладку найти в файлах
Выбираете папку где лежать все файлы
Жмете галочку регулярные вырж.
В поле найти вставляете <a href=".*#popup.*>
В поле заменить на пишите как должна выглядеть ссылка например <a href="link5.html#id"></a>
Нажимаете заменить в файлах и нажимаете ок

$link = "http://vk.com/?utm_content={gbid}%3A{ad_id}&utm_term=term&utm_campaign=campaign&utm_medium=cpc&utm_source=yandex-direct-{source_type}#1";
preg_match('~^(http:\/\/vk.com/).*?(#\d)$~i', '$link', $m);
echo $m[1];
echo $m[2];