1) Стоит обратить внимание на использование Spring 4 с конфигурацией через аннотации (гораздо удобнее кучи XML файлов конфигурации), Spring Security, JPA + Hibernate для работы с базой, Maven для сборки проекта и т.д. И! не забываем писать тесты. В вопросе еще не раскрыт уровень знания Java.
2) Поддержка Spring в Intellij Idea только в платной версии, но есть триальный период в 30 дней и EAP версия :)