Была похожая проблема Safari на Mac: появлялись фантомные закладки, якобы открытые на iPhone, при и закрытии крестиком - открывались снова.
Решение :
1. Закройте Safari если он открыт.
2. Откройте папку Домашняя-Библиотека-Safari
3. Найти 3 файла с именем " CloudTabs.* "
4. Забэкапить их куда-нибудь на всякий случай
5. Удалить файлы
6. Запустить Safari - все фантомные закладки пропадут.
