Из собственного опыта.
Сейчас при продаже софта кроме договора купли-продажи оформляется также лицензионный договор.
Что добавляет бумажек при оформлении.
Так же при проверках очень часто проверяющие спрашивают документы на покупку (накладная, чек), но вот на сколько это законно подсказать не могу.