soja

Зная привередливость PyQt, полагаю, что стоит попробовать перенести все исполняемые функции во второй поток, оставив в первом только UI и обработчики сигналов. У тебя там цикл, а циклы в основном потоке он очень уж не любит. Если даже проблема не решится, это всё равно будет полезным.

Используйте line-profiler, чтобы узнать самые слабые места в коде. И тогда уже будет понятно, где улучшать алгоритм. Я недавно благодаря ему улучишл скорость в 6 раз. Так как можно пробовать разные варианты именно в узком месте и сразу видеть результат.