Недавно столкнулся с такой же проблемой. Проект на
tapestry 5(в котором клиентская часть основана на prototype), к нему надо было прикрутить плагины jquery. Помогла строчка в конце jquery.js:
var j$ = jQuery.noConflict();
После этого $(...) — prototype, j$(...) — jquery.
