Не понятно что значит «перезаписать».
Вы собираетесь внести изменение в файл с исходным кодом?
Если так, то это imho не «православный» подход.
Почему Вы не хотите хранить конфигурацию в ini-файле?
Если Вы хотите динамически импортировать модули, то прочитайте про importlib.
Опишите сценарий поподробнее. Не совсем понятно для чего Вы собираетесь менять исходный код.
