Как запустить несколько ботов discord одновременно?

Насколько я понял client.run это блокирующая функция.

Вам нужно использовать отдельные потоки для запуска каждого бота.

from threading import Thread

b1 = Thread(target=client.run, args=(token1,))
b1.start()

b2 = Thread(target=client.run, args=(token2,))
b2.start()