add_filter('the_content','your_delete_function');
function your_delete_function($content) {
return str_replace('?<p> </p>?', '', $content);
}
С регуляркой эксперементируй. Чтобы подобрать подходящий вариант.
Хотя, все-таки делать бы через поиск и замену по бд. Сделай дапм wp_posts, скачай на комп и попытайся текстовым редактором "найти и заменить" эти пробелы на пустоту.