если количество разделов постоянное и небольшое (т.е не будет проблем с индексами) то можете для каждого раздела завести отдельное BOOL поле в таблице
но это конечно изврат и единственное нормальное решение - это M2M (использование таблицы).
а Fulltext по своей сути это такое-же создание M2M индекса, только скрытое с недрах mysql
