Всё же лучше отдельные репозитории.
Или несколько отдельных репозиториев, сгруппированных по функционалу приложения, в которых будут подпапки.
У вас же каждый сотрудник работает в своем форке.
При внимательной организации code review и мержа только по результатам code review большой свалки в проектах и подпроектах быть не должно.
