Вопрос решен:
Разделил задачу на под задачи. Сначала скомпилил coffee + concat, и потом concat'ил вместе с либсами.
gulp.task 'scripts', ['coffee'], ->
gulp.src [
'bower_components/zeptojs/src/zepto.js'
'bower_components/zeptojs/src/event.js'
'bower_components/zeptojs/src/fx.js'
'bower_components/zeptojs/src/fx_methods.js'
'src/scripts/all.js'
]
.pipe concat 'all.js'
.pipe gulp.dest paths.build.scripts
gulp.task 'coffee', ->
gulp.src paths.src.coffee
.pipe coffee()
.pipe concat 'all.js'
.pipe gulp.dest paths.src.scripts