Нашел решение, вся трудность была в том чтоб NodeList преобразовать в массив. Кому интересно вот решение:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
	<title>лишки</title>
	<style>
    .nav-list__item {
      cursor: pointer;
      background-color: yellow;
      color: green
    }
    .nav-list {
      width: 150px;
    }
    .nav-list__item-blue {
      color: blue;
      background-color: orangered;
    }
	</style>
</head>
<body>
  <ul class="nav-list">
  	<li class="nav-list__item  nav-list__item-blue">Пункт меню</li>
  	<li class="nav-list__item">Пункт меню</li>
  	<li class="nav-list__item">Пункт меню</li>
  	<li class="nav-list__item">Пункт меню</li>
  	<li class="nav-list__item">Пункт меню</li>
  </ul>
  <script>
  var link = document.querySelectorAll(".nav-list__item");
  var linkArray = Array.prototype.slice.call(link);
  linkArray.forEach(function(item, index, array){
    linkArray[index].addEventListener("click", function(event) { 
      event.preventDefault(); 
      console.log("клик по пункту меню" + [index]);
      if (!link[index].classList.contains("nav-list__item-blue")) {
        link[index].classList.add("nav-list__item-blue");
        for (i=0; i < linkArray.length; i++) {
          if (i !== index) {
          link[i].classList.remove("nav-list__item-blue");
          }
        }
        
      } else {
        link[index].classList.remove("nav-list__item-blue");
      }
    });
  });
  </script>
</body>
</html>