Есть несколько подходов, например:
1. Хранить файл build.xml.example (в репе)
В таком случае, каждый разработчик должен скопировать его с именем build.xml, изменив параметры на нужные, а сам же build.xml добавлен в .svnignore, чтобы не перетирались значения отдельных разработчиков и всегда был пример конфига.
2. Иногда, делают так — build.xml (в репе) хранит общие для всех настроки, а для переопределения или добавления каждому разработчику нужно создать свой build.xml.local, который занесён в игнор репозитория. Естественно, при подключении конфигов это должно быть учтено, и должна происходить проверка на локальный конфиг.
3. Подход, который я считаю наиболее удачным, используется во многих фремворках, и не только php, например в зенде, симфонии а и в рельсах, джанго, — когда один конфиг содержит несколько секций, с возможностью наследования параметров из других секций, каждая отдельная секция может быть пронаследована и расширена/изменена Секции подключаются в зависимости от переменной окружения.
И да, отвечая на вопрос, хранить параметры доступа в репозитории нормально, если конечно это не общедоступный реп, для общих подойдёт 1й, и частично 2й методы.
