Нужно натравить профайлер на код, уменьшить время для слоулога и смотреть проблемные запросы, эксплейнить их и фиксить. Возможно кешировать результат, наверняка проблема легкорешаема на уровне кода, или решится — парой индексов/миграцией пары таблиц на ИнноДБ/заменой запроса/чисткой лишних данных/кастрацией лишнего функционала.
