Делаем образ с системного диска с чистой и настроенной системой, и бэкапы нужных (проектных) директорий (напр, через Mirror Folder) периодически сохраняем на архивный диск (или делаем зеркалирование RAID1 используя все тот же Mirror Folder).
В итоге архивный диск содержит образы и архивы проектов.
Обращаю внимание, что именно диски, а не разделы!
Оба диска (системный и архивный) - желательно иметь в "зеркале" (RAID1)