У меня была та же ситуация. Дополнительно выяснилось, что std::cout ведёт себя аналогично, но при этом вполне работоспособен qWarning().
Помогло решение найденное на одном зарубежном форуме. Успешно сработало в моей инсталляции с qt.io.
Необходимо создать файл ~/.config/QtProject/qtlogging.ini
И да, ОС Ubuntu.