Проблема с подвисанием может быть связана с активным переключением журналов и архивированием их (если это включено). У вас коммиты после каждой записи идут? Надо посмотреть нагрузку на ввод-вывод со стороны линукса и со стороны Hyper-V.
Возможно проблема между гостевой системой и гипервизором. Если попробовать на другом гипервизоре, например VmWare?