Думается один bash у Вас перезатирает историю других:

Предлагаю:
1. Добавлять, а не перезаписывать
shopt -s histappend

2. Многострочные команды хранить одной строкой (по желанию):
shopt -s cmdhist

3. После каждой команды сбрасывать историю и перичитывать общую историю (это если вы хотите чтобы команды из одного bash стали появляться в другом).
export PROMPT_COMMAND='history -a; history -n'

4. Косметика: не запоминать повторы команд, не сохранять указанные команды
export HISTCONTROL=«ignoredups»
export HISTIGNORE=«ls:l:ll:[bf]g:exit»