фласку и не надо знать на каком он домене висит, если так уж нужно, то можно передавать из нжинх хеадер с именем домена. Запускать на продакшене джанго/фласк нужно через uWSGI/gunicorn. Адекватных тестов производительности django vs flask не может существовать.
Да как бы пока переменных окружения хватает, а что вы там наворотили нам же не видно. Есть большое сомнение, что их настолько "нужно настраивать через админку". А если настолько нужно, то почему не вынести их в таблицу ключ-значение и значения ключа привязывать к версии аппликух
