sibspace

заместо file_get_contents вот это https://www.php.net/manual/ru/function.simplexml-l...
либо $str загнать в https://www.php.net/manual/ru/simplexml.examples-b...
Тем самым вы получите объект для работы с xml.
а хедер в зависимости от того, чем вы обрабатывать этот файл хотите.

$this->MySQLConnect();
Если бы метод был статическим, то: self::MySQLConnect();

$date = new \DateTime('2019-04-17 07:59:27');
if ($date < (new \DateTime('-1 hour -30 minutes'))) {
    // действие, если прошло больше 1 часа 30 минут
}

1 вариант:
PHP тут не при чем. Просто добавьте в запрос ORDER BY `field`

Если динамически выбирать поле из запроса, то брать поле, а лучше код из "справочника".
А после добавляешь в запрос.

2 вариант:
Нужно собрать корректный массив, в вашем случае с вложениями по департаментам:

$departments = [];
foreach($row as $items) {
    if (!isset($departments[$item['DEPT_NAME']])) {
        $departments[$item['DEPT_NAME']] = [];
    }
    $departments[$item['DEPT_NAME']][] = $items;
}

А после вы можете их сортировать как вам удобно. Благо для этого полно функций в php. Сами департаменты отсортировать нужно по ключам (krsort, ksort). А если еще и внутри, то тут уже через посложнее, но тоже возможно, посмотрите примеры использования (usort - пример с многомерными массивами).