Сергей Бражников

Ответ сам пришел мне в голову.
В общем то решение все 2,5 недели было у меня перед глазами.

В общем когда построитель запросов Yii2 формировал объект выборки с данными из связной таблицы,
из связной таблицы выбиралось по несколько строк, которые присоединялись к каждой строке основной таблицы.
т.е. например к первой из строк основной таблицы присоединялось 3 строки из связной таблицы, ко второй строке основной таблицы присоединялось к примеру 7 строк из связной таблицы и тд.

Простой запрос выдал выборку с повторяющимися ID основной таблицы, вот так:

0 => Array (id=>7, name=>user7, price=>43087), 
1 => Array (id=>3, name=>user3, price=>43000), 
2 => Array (id=>4, name=>user4, price=>42099), 
3 => Array (id=>4, name=>user4, price=>32999), 
4 => Array (id=>3, name=>user3, price=>31000), 
5 => Array (d=>11, name=>user11, price=>25783)

А построитель запросов Yii2 давал вот это:

0 => Array (id=>3, name=>user3, price=>43000), 
1 => Array (id=>4, name=>user4, price=>42099), 
2 => Array (id=>11, name=>user11, price=>25783), 
3 => Array (id=>7, name=>user7, price=>25783)

Задвоенные ID 3 и 4 были перезаписаны.

Вообще моя цель была такая - по условиям фильтра выбрать данные из основной таблицы и к каждой выбранной строке присоединить по одной строке из связной таблицы.
И вывести на страницу 6 элементов, отсортированных по полю(price) из связной таблицы.

А так как к каждой строке основной таблицы - присоединялось по несколько строк из связной таблицы, то в объекте выборки - ID основной таблицы не были уникальны, они повторялись.
Получалось вот это:

// Строка основной таблицы
0 => Array (id=>7, name=>user7), 
                  // Строки связной таблицы
                  Array( price=>43087 ), 

// Строка основной таблицы
1 => Array (id=>3, name=>user3),
                  // Строки связной таблицы
                  Array(
                           price=>43000
                           price=>31000
                  ), 
// Строка основной таблицы
2 => Array (id=>4, name=>user4, price=>42099), 
                  // Строки связной таблицы
                  Array(
                           price=>42099
                           price=>32999
                  ),
// Строка основной таблицы
3 => Array (d=>11, name=>user11),
                  // Строки связной таблицы
                  Array( price=>25783  ),

Итоговый объект выборки смотрелся так:

0 => Array (id=>7, name=>user7, price=>43087), 
1 => Array (id=>3, name=>user3, price=>43000), 
2 => Array (id=>4, name=>user4, price=>42099), 
3 => Array (id=>4, name=>user4, price=>32999), 
4 => Array (id=>3, name=>user3, price=>31000), 
5 => Array (d=>11, name=>user11, price=>25783)

т.е. сначала у меня формировался объект выборки по LIMIT 6, далее из этих шести элементов - Yii2 переписывал повторяющиеся ID основной таблицы и в итоговой выборке на страницу попадало меньше чем 6 элементов.
Т.е. Yii2 формировал объект выборки так, чтобы в итоговой выборке - ID основной таблицы не повторялись, тем самым уменьшая количество строк меньше чем LIMIT 6.
Сделать это ДО LIMIT возможности нет!

Решение:
В основной запрос я добавил
->distinct()
и ->join() заменил на ->joinWith()

$obj = Customers::find()
    ->select(['customers.*', 'products.price'])
    ->distinct()
    ->joinWith('product')
    ->orderBy(['products.price' => SORT_DESC])
    ->offset(1)->limit(6)
    ->asArray();

$obj->all();

Тем самым Yii2 сформировал нужный мне конечный объект!
В объект выборки попало 6 элементов из основной таблицы, далее через связь hasOne() к каждой строке основной таблицы привязалось по ОДНОМУ элементу!
И я получил нужные мне 6 элементов без повторяющихся ID основной таблицы:

0 => Array (id=>7, name=>user7, price=>43120), 
1 => Array (id=>3, name=>user3, price=>43100), 
2 => Array (id=>9, name=>user9, price=>42099), 
3 => Array (id=>4, name=>user4, price=>32999), 
4 => Array (id=>15, name=>user15, price=>31000), 
5 => Array (d=>11, name=>user11, price=>25783)