Можно так: каждый модуль с относящимися к нему сервисами, роутами, компонентами, темплейтами в отдельной папке. На этом же уровне папка shared с сервисами, компонентами и другими общими вещами. все это инклудится и импортится в главный app и в главный модуль. А вообще лучше посмотреть как строится дерево файлов при использовании Angular CLI(если не используешь его).
