Александр

да - он клонируется ....
function __construct(&$storage) - вот так попробуйте (в ПХП & перед переменной - это передача параметра по ссылке)

UTF-8 with BOM?
кодировка файлов какая?

<?php
if (!$_SERVER['REQUEST_URI'] or ($_SERVER['REQUEST_URI']=='/')) {
echo file_get_contents("./index.html");
exit();
}

Как-то так, в самое начала вашего index.php добавьте - тогда если открываться только главная страница, то будет отдан файл index.html (в одной папке с index.php или пропишите свой путь), если это не главная, то будет отрабатывать старая cms