1. Про ссылки. Как уже рекомендовали проверьте индексацию ссылок вручную с помощью команды cache:<адрес страницы со ссылкой>.
Если страница проиндксирована но вашей ссылки нет вам остается только ждать следующей индексации.
Если же страница с вашей ссылкой не проиндексирована, проверьте файл robots.txt возможно раздел в котором размещена ссылка закрыт от индексации.
Также помните что данные в инструментах вебмастеров обновляются не в реальном времени, а с задержкой от одного до нескольких дней.
2. По сайтмапу. Отправка сайтмапа не гарантирует индексацию. Если вы генерируете файл сайтмап стандартными скриптами вполне возможно что в перечень важных страниц попадают страницы тегов, печати и другие дубли контента. Чаще всего именно по этому не индексируется вся карта сайта. Также проверьте чтобы страницы перечисленные в карте сайта не отдавали ошибку 404.
