В общем решение проблемы:
для мерджа вызывал команду, как в документации:
indexer --merge main delta --rotate
лучше заместо нее вызывать
indexer --rotate --merge main delta
и обратите внимание на параметры морфологии в описании индекса. Необходимо чтобы в main и delta индексах они совпадали.