достаточно легкая проблема встречал пару раз.
1. iotop -oka в момент провисания.
2. munin в помощь ставь смотри мониторь.
3. Если тебя смущяет именно 30 сек то эту проблему пол года решал.
То ты не туда копаеш !!
Все достаточно тупо увеличь время таймаута до 600 в апаче других решений не нашлось.
Эта пробелма обсалютно у всех хостеров. Связана с I-O файловой системы и принципом работы апача. Далее если требуется понижай таймаут.
В моем случае переход на ssd решил проблему в корне.
