shadowalone

В принципе в этом нет ничего страшного.
Но если сильная паранойя, то можно создать в каждом домене жесткие ссылки на один файл и редактировать только его, это если все домены на одной файловой системе.

Что-бы не было первой ошибки добавьте -M.

Посмотрите в сторону какой-нить бесплатной панели управления, типа ISPconfig