shadowalone

fschange
dnotify, inotify
http://goo.gl/b4Kih

При установке пакета своего приложение, пусть создается папка /var/log/your_apps с соответствующими разрешениями, в эту папку и складывайте логи.
по-моему путь для логов, в данном случае, белее чем очевиден.
Так поступают многие приложения.