Andrey

Делаешь select, если результатов больше чем твое значение то удаляешь все записи
Так как хранимых процедур в sqlite нет как нет возможности сделать TRUNCATE TABLE то остается вариант такой
DELETE FROM table_name

Можно еще сделать удаление по дате например так

import datetime

days_diff = 2    
date_limit = (datetime.datetime.now() - datetime.timedelta(days=days_diff)).strftime("%Y-%m-%d")

DELETE FROM table_name WHERE strftime("%Y-%m-%d", created_at) <= date_limit