не нужно никакого iframe, будет отдельный node.js сервер, хтмл может рендерить ваш основной движок, на нем же будет располагаться логика клиентской части вашего чатика. от сервера node.js требуется только отдавать данные по сокету. все просто и без костылей, htaccess трогать не нужно вообще.