В .env-файлах обычно прописывают переменные окружения, и для разных окружений типа dev, production, staging, могут быть созданы разные файлы. Также каждый из разработчиков может на локальной системе менять переменные под себя на своё усмотрение.
В общем, env-файлы служат для изоляции приложения от среды, в которой оно запускается. Некая абстракция конфигурации.
Например, обычно там хранятся всякие API-ключи и прочие пароли, которые разработчики не хотят впиливать в код (в целях конфиденциальности, например, если проект open-source и весь код залит на GitHub).
