Надо добавить папку со скриптом в PATH или сам скрипт положить в какую-то папку, которая уже там есть (C:\Windows например).
Мой копьютер -> Свойства -> Дополнительные настройки -> Переменные среды
В конец переменной PATH допишите ; и путь к папке со скриптом.
Если вы запускаете через cmd.exe, а на Bash, то придётся ещё создать Batch-файл (script.bat), который запустит ваш скрипт через Perl. Файлы *.pl не являются исполняемыми в Windows, поэтому скрипт просто так не запустится.