Если переживаете за сохранность каких-то важных файлов, то рекомендую хранить их на отдельном от Linux разделе, или вообще на отдельном жёстком диске, возможно даже форматированном в NTFS, чтобы можно было легко получить к ним доступ на другом компьютере в случае необходимости.
Это немного снизит риск потери файлов при переустановке системы, если, допустим, вы по ошибке форматируете весь диск вместо системного раздела. Из минусов - NTFS под LInux работает немного тормознее, чем родные файловые системы Linux (ext4, btrfs) - для обычного хранения документов и видео/музыки это не критично.
Ну, и как уже советовали выше, нужно делать резервные копии важных файлов регулярно, ведь всякое бывает.