Работаете с УТ или напрямую с базой? Проверяйте фильтрацию(какие категории из древа добавлены,а какие нет). Проще всего добавить все бренды(которые хотите на сайте выводить и выгрузить их). В админке добавляете поле "кем изменен" и "дата изменения" и смотрите, по всем ли товарам 1С ка прошлась (по дате)
