Вот вам текст скрипта:
#!/usr/bin/env bash
for fname in `ls`; do
new_name=`echo $fname | sed s/й/и/g`
mv $fname $new_name
done
Запишиет его в файл (например do.sh), дайте права на исполнение
chmod +x do.sh
и запускайте в директории с файлами
./do.sh
.